La UAM escribe para la revista internacional MDPI Biology

La UAM escribe para la revista internacional MDPI Biology
Nicolás Tobón Orozco y Johan Sebastián Piña Durán, estudiantes de Ingeniería Biomédica e Ingeniería Electrónica, y los docentes Simón Orozco Arias, Reinel Tabares Soto y Cristian Felipe Jiménez, de la Universidad Autónoma de Manizales (UAM), recientemente escribieron un artículo para MDPI Biology, revista internacional de acceso libre revisada por pares de ciencias biológicas y que se publica mensualmente en la web. 
 
El artículo, que puede ser consultado en el enlace https://www.mdpi.com/2079-7737/9/9/281, contó con la colaboración del profesor Romain Guyot, Director de investigación en Genómica, Evolución y Bioinformática del Instituto de Investigación para el Desarrollo de Montpellier (Francia).
 
TIP_finder: un software de HPC para detectar polimorfismos de inserción de elementos transponibles en grandes conjuntos de datos genómicos (TIP_finder: An HPC Software to Detect Transposable Element Insertion Polymorphisms in Large Genomic Datasets) es el nombre este texto que se escribió dentro del desarrollo del proyecto Hacia el entendimiento de genomas de plantas de interés productivo usando técnicas de bioinformática y HPC.
 
Este artículo ayuda a entender cómo funciona nuestro ADN y cómo se desarrolla nuestra información biológica.
 
Los estudiantes Nicolás y Johan Sebastián explicaron que en este proyecto se desarrolló un software bioinformático para acelerar procesos de análisis de genomas, en particular la anotación de estructuras de los genes, la anotación funcional de los genes y la anotación de los elementos transponibles. 
 
Experiencia de los estudiantes
 
Nicolás Tobón Orozco, estudiante de Ingeniería Biomédica e Ingeniería Electrónica
 
“El objetivo macro que nosotros desde el Semillero de Bioinformática e Inteligencia Artificial con esta publicación es dejar este software que funcione con investigaciones futuras en las que se estudie el genoma de cualquier organismo (plantas, bacterias, animales, humanos) y ser analizado de forma computacional, para ganarle la carrera a la proliferación de enfermedades y epidemias”.
 
“Me involucré en esta investigación bajo la modalidad de Joven Investigador de pregrado en la Práctica de Paz y Competitividad en el primer semestre de este año. Mis funciones principalmente fueron la ejecución de pruebas, el análisis de las mismas y la redacción del artículo en sus etapas iniciales de proceso editorial, con el apoyo de los docentes”.
 
“En la actualidad estoy trabajando en enfermedades humanas que involucren el análisis bajo la ejecución de este software. En el equipo el equipo de Bioinformática e Inteligencia artificial se aprende bastante y se trabajo de forma interdisciplinar. Agradezco el apoyo de los docentes que trabajaron con nosotros en este proyecto”.
 
Johan Sebastián Piña Durán,  estudiante de Ingeniería Biomédica e Ingeniería Electrónica
 
“Este artículo es fruto de todo el trabajo que hemos hecho en el Semillero de Bioinformática e Inteligencia Artificial, asociado a los grupos de Investigación Automática e Ingeniería de Software”.
 
Para nosotros es un logro haber publicado en la revista MDPI Biology, que tiene un rango Q1, el mejor ranking que tiene una revista de investigación Y es publicada por una editorial suiza.
 
“Este software realiza una identificación de las posiciones en todo nuestro mapa genético. Podemos ver la cantidad de mutaciones que puede tener una persona y a partir de allí se puede relacionar con un tipo de patología”.
 
“No es común ver que estudiantes de pregrado puedan llegar a publicar a una revista de este tipo. Para nosotros es muy valioso y nos sentimos orgullosos de este logro, además de trabajar con técnicas de computación avanzadas para poder analizar información del ADN. Agradecimiento a la UAM para impregnar el sello investigativo en los estudiantes”.